Nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến bệnh gai đen chính là do béo phì. Nguyên nhân là do tình trạng béo phì có thể gây kháng insulin, dẫn đến nồng độ insulin trong máu cao. Mức insulin quá cao có thể kích hoạt hoạt động trong các tế bào da, dẫn đến những thay đổi da đặc trưng.
Ngoài ram một số hội chứng và vẫn đề nội tiết, một số loại thuốc (corticosteroid, insulin), gen di truyền... cũng có thể là nguyên nhân gây bệnh gai đen.