Có khá nhiều nguyên nhân gây nên bệnh viêm đường tiết niệu cho trẻ. Ở bé gái, do cấu tạo sinh lý là niệu đạo ngắn, lỗ tiểu lại gần với hậu môn nên rất dễ bị lây nhiễm bởi các vi sinh vật từ phân lây sang.
Ở bé trai, có một số do có dị dạng ở đường tiểu, nhất là hiện tượng hẹp bao quy đầu làm cho nước tiểu thường xuyên bị ứ lại gây viêm đường tiết niệu ngược dòng. Một số trẻ không mặc quần hoặc mặc quần thủng đít hoặc hay chơi lăn lê trên mặt đất cũng rất dễ bị viêm đường tiết niệu.
Ngày nay, việc đóng bỉm cho bé là chuyện bình thường nhưng việc sử dụng bỉm không đúng quy cách cũng có thể làm cho trẻ bị viêm đường tiết niệu, nhất là mỗi khi cả phân và nước tiểu lẫn lộn với nhau tạo điều kiện thuận lợi cho vi khuẩn phát triển nên rất dễ làm cho trẻ bị nhiễm vi khuẩn.
Viêm đường tiết niệu ở trẻ đôi khi còn do các bậc phụ huynh hoặc cô nuôi dạy trẻ gây ra như việc rửa cho trẻ sau khi trẻ đi vệ sinh. Nếu rửa đít cho trẻ mà rửa từ sau ra trước thì vô tình sẽ đưa vi khuẩn vào lỗ tiểu, nhất là các trẻ em gái. Về căn nguyên gây viêm đường tiết niệu ở trẻ chủ yếu do vi khuẩn E.coli và có thể do một số ký sinh trùng (vi nấm) hoặc do virut.
Vi khuẩn E.coli là một loại vi khuẩn thuộc họ vi khuẩn đường ruột có nhiều trong phân của người và động vật. Ở ngoại cảnh, vi khuẩn này phân bố khắp nơi (trong đất, bụi, nước và không khí, thực phẩm, rau, quả...) nên rất dễ lây nhiễm sang cho con người mỗi khi có điều kiện, nhất là khi vệ sinh môi trường chưa được cải thiện, vệ sinh cá nhân chưa tốt.