Các vi khuẩn lậu gây bệnh chủ yếu ở bộ phận sinh dục, miệng và mắt. Với nam giới mắc bệnh lậu, sau quan hệ tình dục, trải qua giai đoạn ủ bệnh sẽ xuất hiện các triệu chứng: đái dắt, đái buốt, nóng rát khi đi tiểu; từ dương vật (niệu đạo) chảy ra dịch màu trắng, vàng hoặc xanh; tinh hoàn sưng đau.
Bệnh lậu ở nữ thường có các triệu chứng rất mơ hồ, đến mức có thể làm cho các bác sĩ nhầm lẫn sang các bệnh phụ khoa khác như viêm tiết niệu hay viêm âm đạo thông thường. Các triệu chứng ở nữ thường thấy có thể là đau âm đạo, ra khí hư hay chảy máu giữa các kinh kỳ.
Ở cả nam và nữ, bệnh có thể biểu hiện ở trực tràng hay ở họng. Bệnh nhẹ nên có khi nhầm sang bệnh viêm họng, nhưng với bệnh lây tới hậu môn sẽ gây đau, chảy máu, tiêu chảy.