Nếu được phát hiện sớm và điều trị kịp thời, bệnh rò hậu môn có thể được chữa khỏi dứt điểm. Tình trạng bệnh nếu để lâu khiến quá trình điều trị gặp khó khăn và có thể gây ra những biến chứng nguy hiểm.

Gây nhiễm trùng chảy mủ: Các lỗ rò hậu môn không thể tự lành và gây ra những biến chứng nguy hiểm. Tình trạng nhiễm trùng ở lỗ rò gây viêm đau, vùng hậu môn có thể bị loét và mưng mủ, người bệnh xuất hiện cảm giác ngứa ngày khó chịu ở hậu môn. Nếu không điều trị sớm, người bệnh có thể bị suy nhược cơ thể, giảm sức đề kháng.

Tăng số lượng lỗ rò, đường rò: Rò hậu môn là căn bệnh có nguy cơ tái phát cao, khi xuất hiện một lỗ rò có thể xuyên qua ống rò và lây lan sang các bộ phận xung quanh tạo thành rò hậu môn đa phát. Nhưng lỗ rò phức tạp khiến việc điều trị gặp nhiều khó khăn và người bệnh gặp trở ngại khi đi đại tiện và cảm giác đại tiện không hết.

Tăng nguy cơ ung thư: Khi không được điều trị kịp thời, bệnh sẽ chuyển tiếp sang giai đoạn mãn tính khiến mủ và phân thải ra từ đường rò tạo điều kiện cho vi khuẩn tích tụ tại hậu môn và các lỗ dò tăng nguy cơ gây ung thư. Người bệnh tự ý dùng thuốc bôi ngoài da hoặc kích thích thường xuyên cũng dẫn đến ung thư.