Phụ nữ mất kinh có thể xuất phát từ rất nhiều nguyên nhân khác nhau, ví dụ như:

- Có thai: Trứng đã làm tổ trong lớp nội mạc tử cung và được nội mạc tử cung nuôi dưỡng nên không rụng để tạo thành kinh nguyệt.

- Dùng thuốc tránh thai: Một số phụ nữ có thể không có kinh khi dùng thuốc tránh thai. Nếu ngừng uống thuốc thì sau từ 3-6 tháng, hiện tượng phóng noãn và hành kinh lại xảy ra.

- Cho con bú: Thường không có kinh mặc dù vẫn có thể có phóng noãn, do đó có thể có thai. Phụ nữ không cho con bú hoàn toàn cần đề phòng có thai.

- Stress: Những căng thẳng tâm trí ảnh hưởng tạm thời đến tuyến dưới đồi, có thể làm mất quá trình phóng noãn và mất kinh. Chỉ khi sự căng thẳng tinh thần giảm đi mới có kinh trở lại.

- Dùng một số thuốc: Như thuốc tránh thai các loại, thuốc corticoid, thuốc chống trầm cảm, chống rối nhiễu tâm trí, chữa bệnh tuyến giáp, hóa liệu pháp.

- Mất cân bằng về hormone: Hội chứng buồng trứng đa nang làm cho nồng độ estrogen và androgen cao kéo dài, không lên xuống như trong chu kỳ kinh nguyệt bình thường vì tuyến yên giảm bài tiết hormone, không tạo được phóng noãn và kinh nguyệt. Hội chứng này hay đi kèm với béo phì, vô kinh hoặc chảy máu tử cung bất thường.

- Thiểu năng tuyến giáp: Bệnh ở tuyến giáp có thể làm tăng hay giảm bài tiết prolactin - một hormone sinh sản do tuyến yên bài tiết ra. Thay đổi về nồng độ hormone có thể ảnh hưởng đến vùng dưới đồi và làm mất kinh.

- U tuyến yên: U lành của tuyến yên có thể làm cho prolactin được sản xuất quá nhiều, ảnh hưởng đến sự điều hòa kinh nguyệt. Loại u này hiếm gặp và thường có thể điều trị bằng thuốc.