Việc tiêm vắc xin trước và trong khi mang thai đóng vai trò quan trọng trong phòng ngừa một số bệnh có thể gây tác động tới sức khoẻ của cả mẹ và thai nhi. Một số loại vắc xin có thể sử dụng an toàn trong khi mang thai vì được làm từ vi sinh vật đã chết. Thông thường, các vắc xin này có thể được tiêm trong quý thứ 2 hoặc thứ 3 của thai kỳ:
Vắc xin phòng uốn ván: Nếu thai phụ chưa được tiêm phòng uốn ván thì phải tiêm 2 mũi uốn ván, với nguyên tắc: tiêm 2 mũi cách nhau ít nhất 1 tháng và trước sinh ít nhất 15 ngày. Thời gian thích hợp để tiêm mũi đầu vào tháng thứ 4 hoặc thứ 5 và mũi thứ hai sau đó 1 tháng. Nếu thai phụ đã tiêm phòng uốn ván đủ 2 mũi hoặc mới chỉ tiêm 1 mũi trước đây thì cần tiêm 1 mũi vào tháng thứ 4 hoặc thứ 5.
Vắc xin phòng cúm (bất hoạt): Bản chất bệnh cúm là lành tính, nhưng lại đặc biệt nguy hiểm đối với thai nhi, nhất là 3 tháng đầu của thai kỳ. Vì vậy, tất cả phụ nữ mang thai (trong cả 3 tháng đầu, giữa, cuối) trong mùa cúm nên được chủng ngừa vắc xin phòng cúm.
Ngoài ra có thể tiêm viêm vắc xin phòng viêm gan B: nếu có kết quả xét nghiệm âm tính thì thai phụ có thể tiêm chủng vắc xin này, giúp bà mẹ và bé chống lại nhiễm bệnh cả trước và sau khi sinh.